溧水环境集团前身为溧水县清源水务投资发展有限公司,成立于2006年6月。2012年7月,县委县政府启动国有资产管理改革,在原溧水县清源水务投资发展有限公司的基础上通过资源整合,成立了南京溧水清源水务集团有限公司。2016年5月,区委区政府进行第二轮国有资产管理综合改革,将原先的南京溧水城市建设集团有限公司、南京溧水清源水务集团有限公司、南京市溧水区交通建设投资有限公司调整重组为南京溧水城市建设集团有限公司。